年幼的愛力克兄弟十分思念去世的母親，不惜觸犯煉金術中最大的禁忌，進行了人體煉成。可是煉成失敗了，哥哥愛德華失去了左腿與右臂，弟弟阿爾馮斯失去了肉體，只能把靈魂附身在一副鎧甲上。為了償還他們自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了尋找傳說中的“賢者之石”的旅程。
　　幾年后，一位右臂與左腿都是由“機械鎧甲”替代的國家煉金術士出現在人們的眼前，他被稱作“鋼之煉金術師”。