《蛋神Ⅱ》講述的是來自凍齡世界的布魯塔和巴克爾，企圖征服地球，統治人類，他們要讓地球上的大人變小，小朋友不再長大。而在這個危機時刻，小朋友玩具陀螺的蛋神覺醒了，熱血小孩石牧龍，天才小科學家司想，善良體貼的代家樂，完美女孩上官映雪，四個性格迥異的小朋友因蛋神結緣，它們一起和暗黑勢力斗智斗勇。在這個過程中，自稱是凍齡世界第二聰明的人，其實卻是愚蠢無比的巴克爾，利用女王布魯塔發明的各種新型“武器”，誓要搶到蛋神。小朋友在和巴克爾的斗爭中，建立了深厚的友誼，同時也在相互的幫助下克服了自身的缺點，收獲了勇敢、誠實、自信、堅強等優秀品質，懂得了親情、友情、團結的重要性。