在風之街“風都”，左翔太郎、拍檔菲利普以及所長鳴海亞樹子三人經營著偵探事務所。看似一片和平的風都背后，神秘組織在地下流通著能讓普通人變成Dopant的“惡之蓋亞存儲條”。而造成眾多離奇事件的神秘組織核心“園咲家”的每個人，都在風都有著很大的影響力。挑戰Dopant們引發離奇事件的翔太郎和菲利普兩人，使用六根“蓋亞存儲條”合體變身成假面騎士W，決然地對抗著園咲家族。                                    
                               　　園咲家族的目的到底是什么？假面騎士W、菲利普神秘的過去又是什么？隱含著眾多謎題，假面騎士W的戰斗拉開帷幕……